宇宙护卫队的队长林奇和队员们一直守护着银河系的和平。某天，一颗奇怪的恐龙蛋状陨石坠落到他们的基地，从中孵化出一只会说人话的小三角龙“铁锤”。紧接着，一支名为“超甲恐龙队”的巨型机甲恐龙军团降临，声称要夺回“圣蛋”。双方立刻爆发激战。战斗中，林奇发现超甲恐龙队并非反派，他们来自一个被暗黑皇帝吞噬的恐龙星系，而“铁锤”其实是他们最后的王子。真正的威胁——暗黑皇帝的机械大军正朝着银河系驶来。宇宙护卫队和超甲恐龙队不得不放下成见，将宇宙飞船与恐龙机甲合体，成为“宇宙超甲神龙”，展开最终的保卫战。