2071年，太阳系进入大移民时代。赏金猎人Spike与Jet、Faye、Edward等人驾驶飞船“Bebop号”追捕逃犯。在执行一次看似普通的抓捕任务时，Spike遭遇了已“死亡”多年的宿敌Vicious。战斗中Spike头部受创，却意外触发了一段隐藏在他芯片中的记忆：他并不是Spike，而是Vicious制造的克隆体，用来执行一项毁灭红龙组织的阴谋。真实本体早已死于十年前。Spike陷入存在主义危机：如果记忆是假的，那现在的“我”究竟是谁？他决定杀穿红龙总部，亲自找出真相。